Landsvirkjun og Hrafnabjargavirkjun hf. hafa sett fram hugmyndir um að virkja Skjálfandafljót við Fljótshnjúk, ofarlega á vatnasviði árinnar, og við Hrafnabjörg, rétt ofan byggðar í Bárðardal. Virkjununum fylgja umfangsmikil uppistöðulón, stíflumannvirki, vegagerð og háspennulínur á vatnasviði Skjálfandafljóts, en áin er nú óröskuð af slíkum framkvæmdum frá upptökum til ósa.
Skjálfandafljót er meðal verðmætustu svæða landsins m.t.t. landslags og víðerna samkvæmt úttekt 2. áfanga rammaáætlunar. Umfangsmikið rask og eyðilegging myndi hljótast af virkjununum, neikvæð áhrif á fossa og gróðurlendi. Um er að ræða stórt og lítt snortið svæði ef frá er talin sú mikla landeyðing sem átt hefur sér stað á þessu svæði. Hér er um gríðarlega verðmætt svæði að ræða.
Fljótshnjúksvirkjun er 58 MW virkjun sem felur í sér stíflun Skjálfandafljóts á tveimur stöðum. Efri stíflan yrði við Fljótshaga eða Marteinsflæðu með rúmlega 11 km2 miðlunarlóni (Fljótshagalóni) og hin neðri við Syðra Fljótsgil eða Stóruflæðu, skammt sunnan Fljótshnjúks, með tæplega 7 km2 lóni. Að auki við þetta yrðu Hrauná og Öxnadalsá sem koma upp undan ódáðahrauni stíflaðar og þeim veitt til virkjunarinnar. 34 km háspennulína yrði lögð niður að Hrafnabjargavirkjun.
Fyrirtækin hafa lagt fram þrjár mismunandi útfærslur á Hrafnabjargavirkjun (A, B og C). Allar gera þær ráð fyrir um 27 km2 Hrafnabjargalóni, löngu (20 km) og mjóu lóni í farvegi Skjálfandafljóts. Um 20 km háspennulína myndi liggja frá virkjuninni að tengingu við meginflutningskerfið á Vallnafjalli.
Hrafnabjargavirkjun A hefði mest umhverfisáhrif því hún myndi taka rennsli af Aldeyjarfossi. Útfærslur B og C hefðu ekki slík áhrif. Útfærsla C hefði minnst umhverfisáhrif, en með henni yrði fallið frá því að veita Suðurá, austan Skjálfandafljóts inn í miðlunarlónið. Hrafnabjargavirkjun A yrði stærst (88,5 MW) og hagkvæmust (kostnaðarflokkur 3 af 5), en hinar minni og óhagkvæmari.
Á vatnasviði Skjálfandafljóts er að finna stórbrotnar náttúruminjar eins og Aldeyjarfoss, Laufrönd og Neðribotna, Ingvararfoss, Hrafnabjargafoss, Goðafoss, Þingey, Skuldaþingsey, votlendi á Sandi og Sílalæk í Aðaldal, Gæsavötn við Gæsahnjúk, Tungnafellsjökul, Gjallanda og Vonarskarð. Í Króksdal, þar sem Skjálfandafljót hefur ferð sína frá hálendinu til sjávar, vex birki hvað lengst inni til landsins. Þarna er hálendið óvenju tegundaauðugt miðað við hæð yfir sjó. Æskilegt væri að friðlýsa Skjálfandafljót frá upptökum til ósa til að vernda þessar náttúruperlur.
