Skaftá á upptök sín í Skaftárjökli í vestanverðum Vatnajökli. Jökulhlaup eru algeng í Skaftá en þau verða vegna jarðhita undir jökli í Skaftárkötlum. Langisjór er um 20 km ílangt, djúpblátt fjallavatn, sem liggur á milli móbergshryggja við Vatnajökul vestanverðan og fær lit sinn af jökulseti frá þeim tíma er Skaftá hljóp í hann fram. Hann tilheyrir hinu óraskaða vatnasviði Skaftár, á svæði sem hiklaust má telja til landsins verðmætustu hvað náttúrufar, landslag og víðerni varðar. Langisjór var friðlýstur sem hluti Vatnajökulsþjóðgarðs sumarið 2011 og endahnútur þannig hnýttur á áratugalanga varnarbaráttu gegn virkjanahugmyndum. Hugmyndir um 125MW Skaftárvirkjun falla í verndarflokk.