Vatnasvið Hólmsár er hluti umfangsmikilla landslagsheilda og lítt snortinna víðerna sem tengjast verðmætum svæðum á suðurhluta miðhálendissins, s.s. Torfajökulssvæðinu/Fjallabaki, Mýrdalsjökli, Langasjó og Skaftá og nágrenni. Vegna sérstöðu svæðisins og nálægð við önnur friðlýst og merkileg svæði vilja margir að allar þrjár virkjunarhugmyndirnar sem snúa að Hólmsá falli í verndarflokk. Um 80 helsingjapör verpa á svæðinu sem gerir um 67% íslenska stofnsins, en er Hólmsá annar tveggja þekktra varpstaða helsingjans hérlendis. Aðrar 38 varptegundir fugla eru þekktar á svæðinu. Virkjunarhugmyndin um Hólmsárvirkjun við Einhyrning felur í sér stíflun hins náttúrulega Hólmsárlóns, sem gjarnan er nefnt “litli Langisjór” sökum líkinda fjallavatnanna tveggja. Hólmsárbotnar hefðu orðið lónstæði og vatn legið upp undir Strútslaug. Virkjanahugmyndirnar tvær, kenndar við Einhyrning, hefðu auk þess tekið umtalsvert vatn af Hólmsárfossi. Hugmynd um 72 MW Hólmsárvirkjun við Einhyrning með miðlun í Hólmsárlóni fellur í verndarflokk.