Virkjanasvæðið er á Fljótsdalsheiði, fremur lítt snortnu heiðarlandi, þar sem er viðkvæmt vatnasvið og vistkerfi, m.a. votlendissvæði, farleiðir mikilvægra fuglastofna og búsvæði hreindýra.
Fyrirhugað er að reisa 70 – 100 risamöstur og af því hlytist gríðarlegt jarðrask og sjónmengun á stóru svæði, algerlega óafturkræft.
Virkjunin myndi raska víðernum, vistgerðum og vatnasviði innan svæðisins varanlega. Bæði víðerni og votlendi njóta verndar náttúruverndarlaga.
Virkjanasvæðið yrði alls 41 km2 og á nálægu svæði er Hálslón, manngert lón Kárahnjúkavirkjunar sem er alls 57 km2
Sjónmengun
Fljótsdalsheiði er um 600 m yfir sjávarmáli og þaðan er víðsýnt til allra átta. Það eitt og sér myndi gera vindorkuverið afar áberandi.
Mannvirkin myndu sjást vel frá Vatnajökulsþjóðgarði og öllum heiðum og fjöllum í nágrenninu, m.a. Snæfelli. Þannig myndu víðerni svæðisins skerðast og upplifunin af þeim.
Virkjanasvæðið er í grennd við náttúruperluna Stuðlagil.
Mannvirki
Hvert mastur yrði allt að 250 m hátt, eða á hæð við tæplega 3 Hallgrímskirkjur.
Spaðarnir sem knýja hverja vindtúrbínu yrðu allt að 80 m að lengd hver, sem þýðir 160 m radíus.
Við hvert mastur þarf 1.200 fm mikið styrktan pall undir krana sem notaðir eru til að koma möstrunum á sinn stað. Undir hvert mastur þarf auk þess 120 fm öfluga undirstöðu.
Veg þarf að hverju mastri, a.m.k. 6 m breiðan, sem þolir mikla þungaflutninga, bæði til að koma hlutum mastursins á staðinn og til að færa kranana sem reisa möstrin.
Jarðrask
Gríðarlega umfangsmikil jarðvegsskipti þarf til að koma fyrir öllum þessum vegum, sem gætu orðið tugir km að lengd. Og þessu öllu til viðbótar eru áform um að grafa upp allt að 12 m breitt belti fyrir jarðvegsstrengi um langan veg.
Í ljósi umfangs vindorkuversins yrði óhjákvæmilegt að opna nýjar og stórar efnistökunámur – þannig yrði lítt snortinni náttúru í raun breytt í iðnaðarsvæði.
Þá er ótalið rask vegna tengivirkja vindorkuversins ef af verður. Allar þessar framkvæmdir kalla því á óafturkræf náttúruspjöll á viðkvæmum heiðalendum.
Spaðarnir
Spaðar sem notaðir eru í vindorkuver innihalda ýmis óæskileg spilliefni sem fylgja trefjaplastframleiðslu – og auðvitað slitna þeir með árunum. Afleiðingin er hætta á örplastmengun í nálægum vistkerfum, sem getur haft ófyrirséðar afleiðingar.
Vegna efnasambanda í spöðunum er ekki hægt að endurvinna töluverðan hluta þeirra; því miður er því enn verið að urða spaða sem er með öllu óforsvaranlegt.
Þrátt fyrir að nú standi yfir tilraunir með endurvinnslu á spöðum þá virðist langt í land með að vindorkuiðnaðurinn nái ásættanlegum árangri í þeim efnum.
Hljóð- og ljósmengun
Hljóð- og ljósmengun fylgir öllum vindorkuverum. Á möstrunum eru blikkandi ljós sem valda óþægindum og verulegri truflun um langa leið, auk verulega neikvæðra áhrifa á upplifun fólks af t.d. norðurljósum, sólarupprás og sólarlagi.
Sveiflukenndur þytur frá spöðum vindorkuvera veldur hljóðmengun af ýmsum toga.
Áhrif lágtíðnihljóða sem berast mjög langt eru nú til sérstakrar rannsóknar, m.a. áhrif þeirra á dýralíf og fólk.
Áhrif á fugla og hreindýr
Þekkt er að vindorkuver eru fuglum sérlega skaðleg því fuglar vara sig ekki á mannvirkjunum og fljúga á þau. Á svæðinu eru mikilvægar farleiðir og búsvæði fugla, sbr. fálka, rjúpu, heiðagæsa og himbrima svo eitthvað sé nefnt.
Heiðalönd Austurlands eru mikilvæg búsvæði hreindýra, Fljótsdalsheiði þar með talin.
