Lagarfljót rennur um Fljótsdal og í Héraðsflóa en í fljótið rennur Jökulsá í Fljótsdal en einnig er Jökulsá á Brú veitt í fljótið með tilkomu Kárahnjúkavirkjunar sem hefur í kjölfarið haft neikvæð áhrif á lífríki fljótsins. Því er fljótið stíflað á tveimur stöðum, sem hluti af Kárahnjúkavirkjun (Ufsarstífla) og Lagarfossvirkjun í Lagarfljóti sem dregur nafn sitt af samnefndum fossi sem þar áður var. Vatnasvið fljótsins fyrir ofan Lagarfoss er um 2800 m2 og meðalrennsli um 115m3/s. Afl virkjunarinnar er 27,2 MW.