Þjórsá er lengsta á landsins og hefur meginupptök sín úr Hofsjökli. Í efri hluta Þjórsár eru margar vatnsaflsvirkjanir en áform eru um þrjár virkjanir til viðbótar á láglendi. Holtavirkjun og aðrar virkjanir í Þjórsá hefðu mikil og skaðleg áhrif á náttúruna. Rennsli í ánni yrði breytilegt, allt að tífaldur munur á minnsta rennsli til þess mesta sem hefði veruleg áhrif á lífríki í ánni og á bökkum hennar. Þegar vatnsrennsli yrði lítið er hætta á sandfoki úr þurrum farveginum á 8-9 km kafla. Hluti af eyjunni Árnesi sem Árnessýsla dregur nafn sitt af færi undir lón. Með Holtavirkjun hyrfi Hestfoss alveg í lón og Búði yrði vatnslítill eða þurr og umhverfi hans gjörbreytt. Stórir jarðskjálftar eiga upptök sín á þessu svæði.
Umhverfi
Holtavirkjun og aðrar virkjanir í Þjórsá munu valda afar breytilegu rennsli í ánni, en allt að tífaldur munur verður frá minnsta rennsli til þess mesta. Útlit er fyrir að lífríki á bökkum árinnar verði þannig fyrir miklum áhrifum.
Sandfok verður viðvarandi þegar vatnsstaða árinnar er lægst. Farvegur Þjórsár Árnessýslumegin verður vatnslítill eða þurr á 8-9 km kafla.
Þjórsá
Landsvirkjun áformar að auki að reisa þrjár virkjanir í Þjórsá. Upphaflega átti að selja allt rafmagn úr virkjununum til Alcan á Íslandi vegna fyrirhugaðrar stækkunar á álbræðslunni í Straumsvík. Í kosningum um stækkun álbræðslunnar 2007 höfnuðu Hafnfirðingar tillögunni og því hefur Landsvirkjun verið í viðræðum við hugsanlega kaupendur að orkunni síðan þá, þar á meðal að selja orkuna til fyrirhugaðrar álbræðslu í Helguvík sem enn hefur ekki fengist leyfi fyrir. Einnig eru áform um virkjun 8 km fyrir neðan friðland Þjórsárvera með Norðlingaölduveitu, en sú virkjunarhugmynd fellur nú í verndarflokk samkvæmt rammaáætlun. Við Tungnaá, eru áform um að reisa Búðarhálsvirkjun og fellur hún í nýtingarflokk.
Virkjunarhugmyndirnar þrjár í neðri hluta Þjórsár, þ.e. Hvammsvirkjun, Holtavirkjun og Urriðafossvirkjun, falla nú allar í biðflokk samkvæmt rammaáætlun. Í drögum að rammaáætlun féllu þessar virkjunarhugmyndir í nýtingarflokk en vorið 2012 þegar þingsályktunartillagan um rammaáætlun var samþykkt var ákveðið að færa hugmyndirnar í biðflokk og skoða þær betur áður en ákvörðun um vernd eða nýtingu yrði tekin.
Áform Landsvirkjunar um virkjanirnar í Þjórsá hafa valdið miklum deilum og ágreiningi hjá íbúum svæðisins. Fleiri virkjanir munu stefna náttúrufegurð í voða og rjúfa þá friðsæld sem ríkir við ána.
Þrír fossar í ánni koma til með að skemmast, þ.e. Búði, Hestfoss og Urriðafoss. Árniður og kliður fossanna mun þagna og náttúruupplifun sveitanna því breytast til muna. Út frá hljóðum Þjórsár, t.d. frá Búða og Minna-Núpsflúða, hafa menn frá fornu fari spáð fyrir um veðrið – og gera enn.
Raskið á einstakt lífríki árinnar getur orðið mikið ef virkjunaráform ganga eftir og aukin hætta verður á svifryksmengun og rofhættu þar sem árfarvegurinn kemur til með að verða þurrari sökum minnkaðs rennslis í ánni.
Ennfremur er um að ræða framkvæmdir á einu öflugasta landbúnaðarsvæði Íslands og í nánasta umhverfi manna. Þrengt verður að landbúnaðarlandi með lónum, vegum og öðrum framkvæmdum.
Virkjunarhugmyndir
Holtavirkjun á að rísa rétt ofan við fossinn Búða. Þar yrði reist stífla sem veitir allri ánni í kvíslina sunnan við eyjuna Árnes. Þar kæmi lón með steinsteyptri 73 m langri stíflu rétt við bæinn Akbraut. Áætlað afl virkjunarinnar er 57 MW og er kosturinn í nýtingarflokki rammaáætlunar.