Jökulsá á Fjöllum er önnur lengsta á Íslands og rennur úr Brúarjökli og Dyngjujökli. Farvegur árinnar hefur mótast af miklum hamfaraflóðum sem átt hafa sér stað í gegnum árþúsundin og eru Jökulsárgljúfur sem tilheyra Vatnajökulsþjóðgarði ein frægustu ummerki þeirra. Helmingsvirkjun fellur því í hæsta verðmætaflokk náttúru og menningarminja í rammaáætlun enda myndi virkjun valda breytingum á vatnafari árinnar, einkum að vetri ásamt því að skera sundur víðerni norðan við Vatnajökul í návígi við Öskju og Herðubreið.

Jökulsá á fjöllum

Tvær virkjunarhugmyndir liggja fyrir í Jökulsá á Fjöllum, þ.e. Arnardalsvirkjun og Helmingsvirkjun en þær falla báðar undir verndarflokk rammaáætlunar.

Jökulsá á Fjöllum er lengsta og vatnsmesta áin sem fellur úr norðanverðum Vatnajökli og þarna eru margar virkar eldstöðvar. Svæðið er talið eitt það mest framandi og sérkennilegasta á hálendi Íslands og einkennist af mikilli náttúrufegurð. Áin rennur meðal annars um Vatnajökulsþjóðgarð, Jökulsárgljúfur og Öskju, Herðubreiðarfriðland, Hvannalindir, votlendi við Öxarfjörð, við Kverkfjöll og nálægt Ódáðahrauni.

Jökulsárgljúfur eru stöllótt en efsti og víðasti farvegurinn er grafinn af stærsta hamfarahlaupinu og sjálf rennur áin í þrengsta og dýpsta gljúfrinu. Hlaupin hafa sorfið allt sem fyrir varð, meðal annars gígaröð í farveginum þar sem nú standa Hljóðaklettar, þar sem ótrúlegir skúlptúrar hafa myndast í hlaupum árinnar. 

Vatnasvið Jökulsár á Fjöllum er enn næstum óraskað. Áin rennur með árstíðabundnum sveiflum í náttúrulegum farvegi og skilar framburði til sjávar. Aðeins allra neðst, á söndunum í Kelduhverfi, hafa verið reistar fyrirhleðslur til að draga úr landbroti. Tvær af hverjum þremur stórám jarðar hafa nú verið stíflaðar og rennsli þeirra miðlað. Í Evrópu (utan Íslands) eru aðeins eftir alveg óraskaðar þrjár stórar ár. Ísland er nánast eina landið í Evrópu þar sem enn eru heilleg stór vatnakerfi.

Einar Benediktsson reyndi á sínum tíma að selja erlendum auðjöfrum Dettifoss en taldi fossinn reyndar miklu hærri en hann raunverulega er. Síðan hafa verið uppi nokkrar hugmyndir um virkjun Jökulsár og eiga flestar það sameiginlegt að veita ánni austur á land, nú síðast hugmyndir um Arnardalsvirkjun og Helmingsvirkjun, en þær falla í verndarflokk rammaáætlunar.

Umhverfi
Jökulsá á Fjöllum rennur um mikilvæg svæði á landinu, meðal annars Herðubreiðarfriðland, Vatnajökulsþjóðgarð, Jökulsárgljúfur og Öskju, Hvannalindir, votlendi við Öxarfjörð og Kverkfjöll.

Virkjunarhugmyndir
Helmingsvirkjun fellur í verndarflokk en með virkjun hefði grunnrennsli Jökulsár á Fjöllum verið virkjað. Lón yrðu í farvegum Kreppu og Jökulsár og 49 km aðrennslisgöng hefðu verið grafin undir Jökulsá á Dal að stöðvarhúsi sem hefði risið skammt sunnan við Skriðuklaustur í Fljótsdal.