Markarfljót og vatnasvið þess er ósnortið og tengist einstökum víðernum við Friðland að fjallabaki. Markarfljót kemur að mestu úr Mýrdalsjökli en einnig renna í það kvíslar úr Eyjafjallajökli, Tindfjöllum og Torfajökli. Einstakt samspil jökla og eldvirkni setur svip sinn á svæðið enda rennur Markarfljót milli jökulhulinna megineldstöðva, um mikla sanda og gljúfur. Stórt grágæsavarp er við ósa Markarfljóts sem veitir svæðinu alþjóðlegt gildi á þeim forsendum. Jafnframt liggur Markarfljót um mikilvæga útivistarparadís sem laðar til sín ferðamenn úr öllum heimshornum ár hvert. Virkjunarhugmyndir við Markarfljót falla í verndarflokk þar sem Friðland að fjallabaki er í jaðri svæðisins. Virkjunarhugmyndin Markarfljótsvirkjun B myndi fela í sér 109 MW virkjun sem fengist með því að stífla Markarfljót efst í Markarfljótsgljúfri ofan við Hattfellsgil. Við það myndi myndast svokallað Emstrulón.