Skjálfandafljót á upptök sín í Vonarskarði og rennur óbeislað um 180 km leið til sjávar í Skjálfanda. Fljótið rennur um norðanvert hálendi Íslands og mikil víðerni og margir fagrir fossar á við Goðafoss, Hrafnabjargafoss og Aldeyjarfoss eru í Skjálfandafljóti. Yrði Fljótshnjúksvirkjun reist myndi Aldeyjarfoss þorna upp, en hann þykir vera einn af landsins fegurstu fossum í sinni einstöku stuðlabergsumgjörð. Hugmyndir voru uppi um að reisa 58 MW virkjun á þessum stað í Skjálfandafljóti en fellur kosturinn nú í verndarflokk.
Skjálfandafljót
Skjálfandafljót kemur úr Vonarskarði og rennur norður í Skjálfandaflóa. Stórbrotnar náttúruminjar er að finna í og við vatnasvið Skjálfandafljóts, eins og Goðafoss, Laufrönd og Neðribotna, Ingvararfoss, Hrafnabjargafoss, Aldeyjarfoss, Þingey, Skuldaþingsey, votlendi á Sandi og Sílalæk í Aðaldal, Gæsavötn við Gæsahnjúk, Tungnafellsjökul og Vonarskarð.
Þrjár virkjunarhugmyndir eru í Skjálfandafljóti, þ.e. Fljótshnúksvirkjun og Hrafnabjargavirkjun A. Faghópur I í 2. áfanga rammaáætlunar telur að Skjálfandalfljót sé meðal verðmætustu svæða landsins með tilliti til landslags og víðerna. Æskilegt er að friðlýsa Skjálfandafljót frá upptökum til ósa.
Friðlýstar minjar á svæðinu eru Þingey, Skuldaþingsey, Hrauntunga, Hofgarður og nafnlaust býli við Fiskiá. Þingstaðirnir tveir í Skjálfandafljóti (Þingey og Skuldaþingsey) eru með merkari og best varðveittu fornminjum á Íslandi og leifar af fjölmörgum þingbúðum sjást þar enn.
Ein sögufrægasta ferðaleið landsins Bárðargata liggur um svæðið en götuna eru ferðamenn farnir að ganga á ný.
Lífríki
Margar dýrategundir á svæðinu eru á válista, meðal annars fálki (Falco rusticolus) sem verpur þarna í töluverðum mæli, og snæugla (Nyctea scandiaca) í Laufrönd.
Virkjunarhugmyndir
Fljótshnjúksvirkjun
Meginmiðlun Fljótshnúksvirkjunar myndi fást með stíflu Skjálfandafljóts vestur af Steinfelli, um 5 km sunnan við Laufrönd. Áætlað rafafl er 58 MW.
Fljótshnúksvirkjun og Hrafnabjargavirkjun myndu þurrka upp Aldeyjarfoss sem löngum hefur þótt einn af fallegri fossum landsins með einstakri stuðlabergsumgjörð sinni.
Heimild: Orkustofnun
Einbúavirkjun
Áformuð virkjun yrði í Skjálfandafljóti, um 7 kílómetrum ofan Goðafoss, en fossinn var friðlýstur í júní síðastliðnum. Aldeyjarfoss, eitt af helstu kennileitum Norðurlands, er ofar í Skjálfandafljóti og liggur vegurinn frá Goðafossi að Aldeyjarfossi í gegnum fyrirhugað iðnaðarsvæði. Virkjunin, sem er rennslisvirkjun, tekur Skjálfandafljót úr sínum náttúrulega farvegi á 2,6 kílómetra kafla með stíflu þvert yfir fljótið. Á þeim kafla mun farvegurinn standa nær vatnslaus við lágmarksrennsli að vetri og flæðir þá ekkert vatn yfir stífluna.
Heimild: Skipulagsstofnun
Svartárvirkjun
Svartá og Suðurá eru lindár með upptök í norðurbrún hálendisins ofan Bárðardals. SSB Orka ætlar að virkja árnar sameinaðar skammt ofan ármóta við Skjálfandafljót. Á þriggja kílómetra kafla ofan virkjunar renni árnar að mestu í lokuðum stokki. Áformuð virkjun er 9,8 MW og því utan rammaáætlunar. Vatnasviðið hefur mjög hátt verndargildi og áformin hafa verið harðlega gagnrýnd. Skipulagsstofnun metur umhverfisáhrif virkjunarinnar verulega neikvæð.
Heimild: Skipulagsstofnun