Vatnasvið Hólmsár er hluti umfangsmikilla landslagsheilda og lítt snortinna víðerna sem tengjast verðmætum svæðum á suðurhluta miðhálendissins, s.s. Torfajökulssvæðinu/Fjallabaki, Mýrdalsjökli, Langasjó og Skaftá og nágrenni. Vegna sérstöðu svæðisins og nálægð við önnur friðlýst og merkileg svæði vilja margir að allar þrjár virkjunarhugmyndirnar sem snúa að Hólmsá falli í verndarflokk. Um 80 helsingjapör verpa á svæðinu sem gerir um 67% íslenska stofnsins, en er Hólmsá annar tveggja þekktra varpstaða helsingjans hérlendis. Aðrar 38 varptegundir fugla eru þekktar á svæðinu. Orkusalan (áður RARIK) og Landsvirkjun vilja virkja Hólmsá; nýta fall ánnar frá Atley austan Sandfellsjökuls niður á Flöguvelli og Flögulón og fá þannig 65 MW af afli. Óvissa er um áhrif framkvæmdanna á upprunalegan birkiskóg í Hrífunesheiði og hvar línur myndu liggja, en margir telja sterk rök fyrir því að færa virkjunarhugmyndir í Hólmsá í verndarflokk.
