Landsvirkjun hefur fengið leyfi til að rannsaka möguleikann á virkjun Skjálfandafljóts, en fljótið er meðal verðmætustu svæða landsins m.t.t. landslags og víðerna. Fljótshnjúksvirkjun og Hrafnabjargavirkjun myndu þurrka Aldeyjarfoss sem löngum hefur þótt einn af fallegri fossum landsins með einstakri stuðlabergsumgjörð. Með Hrafnabjargavirkjun yrði sökkt enn einu stóru gróðursvæði á hálendinu með 25 km löngu miðlunarlóni. Hér er því um gríðarlega verðmætt svæði að ræða og æskilegt væri að friðlýsa Skjálfandafljót frá upptökum til ósa. Á vatnasviði Skjálfandafljóts er að finna stórbrotnar náttúruminjar eins og Aldeyjarfoss, Laufrönd og Neðribotna, Ingvararfoss, Hrafnabjargafoss, Goðafoss, Þingey, Skuldaþingsey, votlendi á Sandi og Sílalæk í Aðaldal, Gæsavötn við Gæsahnjúk, Tungnafellsjökul, Gjallanda og Vonarskarð. Í Króksdal, þar sem Skjálfandafljót hefur ferð sína frá hálendinu til sjávar, vex birki hvað lengst inni til landsins. Þarna er hálendið óvenju tegundaauðugt miðað við hæð yfir sjó.